In Hamburg gibt es einige Organisationen, die sich dezidiert säkularen Themen widmen und säkulare Ansichten vertreten.
- Das Säkulares Forum Hamburg e.V. ist ein 2014 gegründeter Dachverband, der alle wichtigen säkularen Organisationen in Hamburg umfasst.
- Der Verein Freie Säkulare Humanisten Hamburg – fshh – dient dem freien Meinungsaustausch säkularer Humanisten. Er pflegt eine kritische Rationalität aufbauend auf den Erkenntnissen der Naturwissenschaften und anderer evidenzbasierter Wissenschaften.
- Der gbs-Hamburg e.V. ist eine Regionalgruppe im Förderkreis der Giordano Bruno Stiftung. Die Giordano Bruno Stiftung versteht sich als eine Denkfabrik für Humanismus und Aufklärung.
- Der Humanistische Verband Deutschlands, Landesverband Metropolregion Hamburg e.V. vereint als Landesverband des HVD die ältesten säkularen Traditionen Hamburgs in sich.
- Die Interessengemeinschaft Humanistische Lebenskunde in Hamburg e.V. setzt sich dafür ein, dass die Inhalte des Lebenskundeunterrichts gleichberechtigt in den Religionsunterricht an Hamburger Schulen integriert werden oder Lebenskundeunterricht einen gleichberechtigten Platz neben dem Religionsunterricht im Lehrplan erhält.
- Die Jugendweihe Hamburg e.V. unterstützt bereits seit über 125 Jahren junge Menschen bei ihrem Übergang ins Erwachsenenalter und der Bildung ihrer Persönlichkeit.
- Die Stiftung Geistesfreiheit Hamburg fördert die freigeistige-freihumanistische und naturwissenschaftlich-fortschrittliche Bewegung, soweit sie auf wissenschaftlicher Grundlage beruht. Sie besteht bereits seit 1964 und hat deutschlandweit Gewicht.
- Die Stiftung Unitates bezweckt die Förderung von religiöser Toleranz und die Förderung eines demokratisch orientierten Weltbildes.
- Der VfW, Verband freier Weltanschauungsgemeinschaften Hamburg e.V. ist ein Zusammenschluss aus der Arbeitsgemeinschaft Jugendweihe Groß-Hamburg e.V., den Unitariern, den Freien Humanisten Hamburg e.V. und der Jugend- und Bildungsstätte Klingberg. Sie treten für die Verwirklichung der Geistes-, Glaubens- und Gewissensfreiheit auf der Grundlage ethischer Bindung und Verantwortung ein.